Fraunhofer-Institut für Algorithmen und Wissenschaftliches Rechnen SCAIAbgeschlossene Projekte im Geschäftsfeld Bioinformatik
AETIONIOMY - molekulare Ursachen von Alzheimer verstehen
Das Projekt AETIONOMY ist eines der «Flaggschiff-Projekte» der Innovative Medicine Initiative (IMI), einer öffentlich-privaten Partnerschaft der Europäischen Union und der Föderation der Pharmazeutischen Industrieverbände in Europa (EFPIA).
Laufzeit: 01/2014 - 12/2018
Fortissimo und Fortissimo 2
Die europäischen Projekte Fortissimo und Fortissimo 2 zielen darauf ab, die globale Wettbewerbsfähigkeit europäischer kleiner und mittlerer Unternehmen (KMU) durch die Nutzung von Simulations-Services zu verbessern, die auf einer High Performance Computing Cloud Infrastruktur laufen. SCAI trägt zu Fortissimo 2 mit seiner Expertise in zwei Technologiebereichen bei:
- hochentwickelte Methoden der Datenanalyse für große Mengen von Daten aus numerischen Simulationen und
- flexible Lizensierungsmechanismen für pay-per-use Modelle in Clouds.
Laufzeit: 11/2015 - 10/2018
Neuroallianz
Um dem Biotechnologie- und Pharmastandort Deutschland neue Impulse zu geben, hat das Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF) die Pharma-Initiative »BioPharma: Für die Medizin der Zukunft« gestartet. Das für diese Initiative nominierte Neuroallianz-Konsortium hat ein neuartiges strategisches Partnerschaftsmodell entworfen, bei dem akademische Institutionen und Pharmaunternehmen eine Reihe diagnostischer und therapeutischer Forschungsprojekte bearbeiten.
Laufzeit: 01/2009 - 05/2018
Ältere Projekte (in alphabetischer Reihenfolge)
@neurIST
Integrated Biomedical Informatics for the Management of Cerebral Aneurysms.
AAI/VO
Im Arbeitspaket AAI/VO werden die in DGI-1 und IVOM durchgeführten Arbeiten im Bereich der Authentifizierungs- und Autorisierungsinfrastruktur (AAI) im D-Grid fortgeführt. Die rein identitätsbasierte Autorisierung des D-Grid soll erweitert werden, so dass zusätzlich ein Benutzer anhand von Attributen autorisiert werden kann.
BRIDGE
IBilateral Research and Industrial Development Enhancing and Integrating GRID Enabled Technologies.
chemoCR
chemoCR is a system for the reconstruction of chemical information from chemical structure depictions. This tool has been developed to make one of the largest sources of chemical information accessible: the information communicated through images containing chemical structure depictions. Although communication of chemical information through images is quite common amongst chemists, the information contained in images could not be used by machines. chemoCR solves this problem by reconstructing chemical information from images.
cloud4health
Fraunhofer SCAI hat im Projekt cloud4health eine sichere »Trusted-Cloud«-Infrastruktur für eHealth-Anwendungen im Gesundheitswesen bereit gestellt. Für die Sekundärnutzung medizinischer Rohdaten entwickelte SCAI spezialisierte und leicht adaptierbare Textanalyse-Technologien.
CoreGRID
CoreGRID hat sich zum Ziel gemacht, die wissenschaftliche und technologische Exzellenz in den Feldern Grid- und Peer-to-Peer-Technologien zu stärken. Das gemeinsame Forschungsprogramm ist in 6 Forschungsbereiche aufgeteilt, die als Institute organisiert sind. Diese Institute wurden auf Basis ihrer strategischen Wichtigkeit, ihrer wissenschaftlichen Herausforderung und der bereits bestehenden europäischen Arbeit an der nächsten Generation von Grid-Middleware ausgesucht.
D-Grid
Als Teil der D-Grid Initiative baut das D-Grid Integrations-Projekt DGI die nachhaltige Grid-Infrastruktur für e-science in Deutschland auf. Das DGI fungiert in diesem Zusammenhang als Anbieter von Grid-Diensten und Grid-Ressourcen für die gesamte deutsche Forschung. Dazu werden die Entwicklungen der Community-Projekte in das Integrationsprojekt durch enge Zusammenarbeit von DGI und Community-Projekten integriert.
DGSI
Das Gap-Projekt »DGSI« konzipiert und entwickelt eine Interoperabilitätsschicht für Scheduling in Service Grids, die es Benutzern einer Community erlaubt, Arbeitslast auf Ressourcen einer anderen Community zur Ausführung zu bringen. Hierbei soll insbesondere der Tatsache Rechnung getragen werden, dass die einzelnen, spezialisierten Scheduling-Lösungen der Communities weiterhin Bestand haben.
HNB
The Helmholtz Network for Bioinformatics is a user-friendly web interface for integrating complex bioinformatics tasks. It is a joint venture of leading German bioinformatics research groups and offers convenient access to numerous bioinformatics resources through a single web portal.
IANOS
Intelligent Application - oriented Scheduling for HPC Grids with IANOS.
IVOM
Interoperability and Integration of VO-Management Technologies in D-Grid.
HTS Data Mining
Der Hauptfokus unserer Arbeiten liegt auf der Analyse des Primärscreens und auf der Auswahl von erfolgversprechenden Substanzen für weitere Test, um eine Leitstruktur etablieren zu können. (HTS).
Neuroallianz D10
Zielsetzung des Projekts D10 war die Identifikation biologischer Marker, die zur Förderung der Arzneimittelentwicklung und Verbesserung therapeutischer Interventionsmöglichkeiten bei neurodegenerativen Erkrankungen eingesetzt werden können. Das Projekt wurde in Zusammenarbeit von UCB Pharma GmbH und Fraunhofer SCAI durchgeführt und beruhte prinzipiell auf einer rechnergestützten Strategie zur Biomarker-Ermittlung.
OGFLEMM
In OG-FLeMM NEC and SCAI will evaluate the usability of the OGSA-DAI implementation for distributed storage and analysis of molecular docking and molecular dynamics results. For this task a »molecular docking / molecular dynamics demonstrator« will be implemented, which emulates a part of the typical distributed data analysis work carried out by multinational pharmaceutical research organizations.
Open PHACTS
To reduce the barriers to drug discovery in industry, academia and for small businesses, the Open PHACTS consortium has built an Open Pharmacological Space (OPS). This is a freely available platform, integrating pharmacological data from a variety of information resources and providing tools and services to question this integrated data to support pharmacological research.
PHOSPHORUS
Benutzerkontrollierte Infrastruktur der europäischen Forschung.
SmartLM
Die heutige Praxis für Gestaltung und Gebrauch von Softwarelizenzen behindert die Ausbreitung und Nutzung von Technologien des verteilten Rechnens, wie etwa Grid Computing, im nicht-akademischen Umfeld. Gleichzeitig erfordert die rasante Verbreitung von Service- und Virtualisierungsumgebungen eine schnelle Evolution der Lizenzmodelle, um mit Softwarelizenzen geschützte kommerzielle Anwendungen auch in diesem Umfeld nutzen zu können.
SLA4D-Grid
Service Level Agreements für das D-Grid.
SIMDAT
Im Projekts SIMDAT werden grundlegende Techniken für das Grid-Computing entwickelt. Ziel dabei ist es, komplexe Anwendungsprobleme in unterschiedlichen Industriebereichen zu lösen: im Entwurf von Automobilen und Flugzeugen, in der Pharmaindustrie und in der Meteorologie.
The Human Brain Pharmacome
THESEUS
THESEUS is a research program initiated by the Federal Ministry of Economy and Technology (BMWi), with the goal of developing a new Internet-based infrastructure in order to better use and utilize the knowledge available on the Internet.
ToPNet
The ToPNet program enables biological experts to interactively interpret expression data in the context of biological networks of various kinds (e.g. metabolic, regulatory or text-mining networks).
TUAM
Tool für Universelle Annotationen und Mapping.
UBO-OPS
The Open PHACTS project aims to deliver a single view across available pharmacological information sources.
UIMA HPC
Die unglaubliche und weltweit ständig wachsende Fülle von Fachartikeln, Patenten und anderen Nachrichtenquellen (wie z.B. Blogs) ruft sozusagen nach einem automatischen Lesen und Auswerten. So enthält die Literaturreferenzdatenbank PubMed derzeit mehr als 20 Millionen Einträge auf dem biologisch-pharmakologischen Gebiet.
VIOLA
TVertically Integrated Optical Testbed for Large Applications im Deutschen Forschungsnetz.
VO-Management
Management Virtueller Organisationen in D-Grid.
WISDOM
Grid computing is currently developing into a major driving force for new approaches towards collaborative large scale science. Several national and international eScience programs have fostered collaboration between researchers from different scientific domains and the first large scale experiments on grids infrastructures such as EGEE are underway.