Software und Services im Geschäftsfeld Bioinformatik

SCAI VIEW ist eine Knowledge-Discovery-Software für die Life Sciences. Sie erlaubt das schnelle Auffinden von aggregierten Informationen aus großen Textmengen. Dazu integriert SCAI VIEW die Information von PRO MINER mit den dazugehörigen Texten und erlaubt eine semantische Suche.

• Informationsmaterial SCAIView [PDF, 696 KB]

Die Software PRO MINER identifiziert Gen- und Proteinnamen in wissenschaftlichen Texten. Die Identifikation basiert auf automatisch erzeugten Wörterbüchern. Das Wörterbuch von PRO MINER zu »Homo Sapiens« umfasst bereits 18.000 Einträge und 670.000 Synonyme.

• Informationsmaterial PRO MINER [PDF, 600 KB]

BEL Information Extraction workFlow. BELIEF ist eine Web-basierte Anwendung um kausale Relationen aus englischen wissenschaftlichen Texten zu extrahieren. Hochgeladene Texte werden direkt an eine Textmining-Pipeline geschickt und nach  dem Prozessieren auf der Kurierungseite dargestellt. Die Ergebnisse werden in der Modellierungssprache BEL (Biological Expression Language) angezeigt und können vor Abspeicherung  von den Nutzern korrigiert werden.

Mit dem Biological Knowledge Miner (BiK>Mi) lassen sich annotierte und angereicherte Wissensgraphen erkunden, die von e(BE:L) stammen. BiK>Mi kann Schlüsseldaten zu Medikamenten, Proteinen und anderen biologischen Entitäten abrufen und bietet Werkzeuge zum Extrahieren von BEL-Aussagen auf der Grundlage benutzerdefinierter Kriterien, zum Visualisieren der eingebetteten Subgraphen und Netzwerke sowie zum Vergleich benutzergenerierter Genexpressionsdaten mit den darin gespeicherten manuell kuratierten Beziehungen.

Der STUDY VIEWER ist ein interaktives Informationsportal für klinische Studien, welches im Projekt EPAD entwickelt wurde. Es erlaubt die Untersuchung der Veränderung von klinischen Variablen über die Zeit im Vergleich zur Progression der Krankheit. Das Werkzeug erlaubt den Vergleich von hypothetischen longitudinalen Modellen (wie z.B. von Clifford Jack et al.) mit realen Daten aus klinischen Studien wie z.B. ADNI.