Software und Services im Geschäftsfeld Bioinformatik

SCAI VIEW ist eine Knowledge-Discovery-Software für die Life Sciences. Sie erlaubt das schnelle Auffinden von aggregierten Informationen aus großen Textmengen. Dazu integriert SCAI VIEW die Information von PRO MINER mit den dazugehörigen Texten und erlaubt eine semantische Suche.

• Informationsmaterial SCAIView [PDF, 696 KB]

Die Software PRO MINER identifiziert Gen- und Proteinnamen in wissenschaftlichen Texten. Die Identifikation basiert auf automatisch erzeugten Wörterbüchern. Das Wörterbuch von PRO MINER zu »Homo Sapiens« umfasst bereits 18.000 Einträge und 270.000 Synonyme.

• Informationsmaterial PRO MINER [PDF, 600 KB]

BEL Information Extraction workFlow. BELIEF ist eine Web-basierte Anwendung um kausale Relationen aus englischen wissenschaftlichen Texten zu extrahieren. Hochgeladene Texte werden direkt an eine Textmining-Pipeline geschickt und nach  dem Prozessieren auf der Kurierungseite dargestellt. Die Ergebnisse werden in der Modellierungssprache BEL (Biological Expression Language) angezeigt und können vor Abspeicherung  von den Nutzern korrigiert werden.

BEL COMMONS ist ein Pipeline- und Software-Framework für die Erfassung und Entwicklung von biomedizinischem Wissen und Modellen im Rahmen von Kurationsprojekten als Wissensgraph. Es erlaubt das Wissen (kausale und korrelative Zusammenhänge) aus der wissenschaftlichen Literatur zu extrahieren und als menschenlesbare BEL (Biological Expression Language) Dokumente zu speichern.

Der STUDY VIEWER ist ein interaktives Informationsportal für klinische Studien, welches im Projekt EPAD entwickelt wurde. Es erlaubt die Untersuchung der Veränderung von klinischen Variablen über die Zeit im Vergleich zur Progression der Krankheit. Das Werkzeug erlaubt den Vergleich von hypothetischen longitudinalen Modellen (wie z.B. von Clifford Jack et al.) mit realen Daten aus klinischen Studien wie z.B. ADNI.